公會由會員代表大會所組成，而會員代表大會下有理事會與監事會。理事會下設理事長一名，一任任期三年；而監事會下設監事會召集人一名。

　　公會的運作由理事長對外代表本會，總幹事綜理會務，下設副總幹事。再依功能別分成國內業務室、國際經貿室、大陸經貿室、資訊中心、會務服務室、行政支援室、綜合事務室、祕書室等與中部、南部地區辦事處及日本辦事處。

　　除了上述的部門之外，在理事會下設有委員會，委員會旨在於溝通會員意見、協調業者的關係並適時反應意見給政府做決策參考。