糞便含有多種養分的發酵殘渣，用作田間肥料自古有之。最傳統也是最普及的施肥方式，是將養殖業所產生的糞便經6-9個月的存放腐熟後，直接噴灑在農地和草地上; 在德國有超過70%養殖業糞便是用這種方式處理。德國養殖業包含豬、牛、雞鴨飼養等，每年產生約2億立方公尺的糞便，還從鄰國進口近五十萬公噸，主要來源為荷蘭、比利時和瑞士，其中又以來自荷蘭為最大宗。

適量的糞便是很好的堆肥，但經人工養殖所產生的大量糞便已遠超過農地和農作物所需，過量的堆肥散布在農地上會導致過多的硝酸鹽和抗生素污染土地，甚至進入地下水中，堆積儲存則會產生大量的溫室氣體。根據統計，德國8%的溫室氣體排量來自於農業和養殖業，但如果將糞便送到沼氣廠發酵，就可以減少溫室氣體排放，同時還可以提供能源。

德國養殖業所產生的液體糞便中有四分之一已被用來生產甲烷; 甲烷是天然氣的最主要成分，也是很重要的燃料。在生物沼氣廠中，甲烷可以被專門捕獲並用於產生電力和熱能。藉由 《2030 年氣候保護計劃（Climate Action Programme 2030）》，德國聯邦政府希望在未來能發酵更多的糞便。再者，糞肥由於其來源天然，因此優於必須特別專門種植的玉米等可食用再生原料。就環保原則而言，堆肥用作生質能源可免於陷入食物與燃料之爭。